1、分层实施，分级管理。
创新计划项目分自治区、地市和县（市）三级管理。自治区级项目重点选择示范面大、覆盖全区的项目，列入自治区重点科技计划实行重点管理。地市级项目向自治区申报列入自治区科技计划管理，并作为当地重点科技计划实行重点管理。县（市）级项目列入地市科技计划管理。

2、实行重大项目首席专家负责制。
对创新计划的重大项目的实施管理实行首席专家负责制。面向社会公开招聘首席专家，由首席专家组织及其领导一个5-7人的项目技术专家组，负责制订项目的技术方案并解决项目实施中的重大技术问题，确保项目的成功率。

3、创新计划项目组织的原则：
（1）体现资源性。创新计划项目的组织要立足于酵资源的开发和结合山区扶贫、外币型农业发展，发挥资源优势，开发新产品，形成支柱产业和拳头产品。
（2）体现广泛性。创新计划项目组织要按照全面覆盖、各部门参与的要求，充分调动全社会的力量，使各行各业都有相应用任务，加强集成联动，实现技术、人才、资源、资金、管理优势集成，突出科技对产业的支撑，体现产学研结合。
（3）体现拖动性。创新计划项目的实施要能够拖动当地产供销一条龙社会化服务体系、深加工产品开发以及包装、贮运、流通服务等相关产业的发展。
（4）体现效益性。创新计划项目的组织以产品创新为核心，经济效益为目标，通过开发新产品和提高现有产品的品质，形成产业链和产品群，实现财政、群众都能增收，提高科技进步对经济发展贡献的显示度。
（5）体现与区域经济发展规划衔接。
（6）体现改革与发展的结合。